Im Jahr 1180 wurde der Ort erstmals urkundlich erwähnt. Die Grafen von Berchtheim waren damals die Ortsherren, ab 1373 hatte das Rittergeschlecht derer von Fronhoffen hier einen Wohnsitz. Viele Anwesen gehörten auch den Rittern von Ehenheim aus dem nahen Enheim.
Im Jahre 1598, nach dem Aussterben des Ehenheimer Rittergeschlechts, teilten sich die Familien von Fronhoffen und von Wenkheim die Ortsherrschaft. Über die Jahrhunderte sind nicht weniger als neun Herrschaften nachweisbar, darunter auch die Herren von Westheim, die Reichsstadt Windsheim, das Hochstift Würzburg und das Fürstentum Ansbach-Brandenburg.
Die Ritter von Ehenheim führten im Jahr 1528 die Reformation ein. Steinerne Epitaphe an der Kirchenmauer und im Inneren des Gotteshauses von Herrnberchtheim erinnern an verschiedene Ritter von Fronhoffen zu Berchthaym und Ortshonoratioren der Familien Grötsch, Heerlein und Markert.
Der größtenteils landwirtschaftlich strukturierte Ort erhielt bereits Mitte des 19. Jahrhunderts einen Bahnhof. Dies führte zur Ansiedlung von Lagerhäusern und eines Landtechnik-Betriebes. Der Bahnhof ist seit Jahrzehnten für den Personenverkehr wieder geschlossen. Die Ansiedlung von Unternehmen hat im nahe gelegenen interkommunalen Industrie- und Gewerbepark GOLLIPP an der Bundesautobahn A 7 neue Perspektiven für eine dynamische Entwicklung geschaffen.
Herrnberchtheim zeigt sich als freundlicher Ort mit vielen typischen Fachwerkbauten. Ein besonders schönes Exemplar eines typisch fränkischen Bauernhauses wurde abgebaut und im Freilandmuseum Bad Windsheim originalgetreu wieder errichtet.